fix(parse): preserve filters for local git repositories

[huangruiteng]

动机

修复 #3187。

DirectoryParser 识别到本地 Git 仓库后，会把 ignore_dirs、include 和 exclude 传给 CodeRepositoryParser，但后者在调用共享目录上传逻辑前丢失了这三个参数。因此，同一个本地目录仅因存在 .git/，就会生成不同的资源树；watch 刷新也会重复这一不一致行为。

改动思路

复用普通目录扫描器已有的过滤语义，而不是为 Git 仓库定义第二套过滤语言：让 CodeRepositoryParser 将三个过滤参数完整传到共享 uploader，再由 uploader 统一组合内置忽略目录、.gitignore、include/exclude glob、扩展名和文件大小限制。

关键调用链 / 伪代码

DirectoryParser(local_git_repo, filters)
  -> CodeRepositoryParser.parse(filters)
  -> upload_directory(filters)
  -> built_in_ignores + .gitignore
  -> include(path/name) and exclude(path/name)
  -> upload only matching files

watch task 已经把这些参数保存在 processor_kwargs，因此后续刷新会自动走修复后的同一路径。

具体改动

• 经由 CodeRepositoryParser 继续传递 ignore_dirs、include 和 exclude；
• 在共享 repository uploader 中应用现有 DirectoryParser 的 path/glob 过滤语义；
• 保持内置忽略目录、.gitignore、忽略扩展名、文件大小限制和并发上传行为不变。

修复后复现

可以直接对任意本地 Git checkout 调用公开 parser API：

result = await DirectoryParser().parse(
    "/path/to/local/repo",
    ignore_dirs="08_Attachments",
    include="*.md",
    exclude="*.excalidraw.md",
)
assert result.parser_name == "CodeRepositoryParser"

在回归 fixture 中，修复后上传结果应只包含 notes/article.md；main.py、08_Attachments/diagram.md 和 notes/private.excalidraw.md 均应被排除。

验证

在 origin/main revision 5bfa9b617ecff478f825ca435a35bc4222b30582 上，新回归测试先失败：即使设置了

ignore_dirs=08_Attachments
include=*.md
exclude=*.excalidraw.md

fixture 仍上传 4 个文件。应用修复后只保留 notes/article.md。

• tests/test_upload_utils.py、tests/parse/test_directory_scan.py 及 focused Git repository regression：82 passed；
• 所有改动 Python 文件 Ruff passed；
• py_compile passed；
• git diff --check passed。

对主干的风险与未覆盖

风险较低且仅限 repository upload filtering。未显式传入过滤参数的调用保持原行为；自定义 ignore_dirs 继续与内置忽略项叠加，与普通目录 parser 的契约一致。

[huangruiteng]

@qin-ctx @MaojiaSheng could you please review this focused fix when convenient?

It fixes #3187: local Git repositories silently dropped ignore_dirs, include, and exclude, so watched imports indexed files the user explicitly filtered out. The patch forwards the existing directory-filter contract into repository uploads; the regression uploaded 4 files on current main and only the expected 1 file after the fix. Related parser/upload coverage is 82 tests passing.